Le 15 avril 1999, M. Bouteflika, adoubé par l’armée, est élu à la présidence (73,79%) en pleine guerre civile. Son élection est contestée par ses six adversaires qui s’étaient retirés la veille du scrutin en affirmant que les « jeux étaient faits ». Le 16 septembre, il obtient un oui massif au référendum sur l’amnistie des islamistes n’ayant pas commis de crimes de sang et de viols et se soumettant à l’autorité de l’Etat. Après sa réélection en 2004, un nouveau référendum permet l’adoption d’une « Charte pour la paix et la réconciliation », offrant le « pardon » aux islamistes encore dans le maquis en échange de leur reddition.